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アユの検出

シリーズ:ちょっと測ってみました

アユの検出

アユはきれいな河川に住んでおり、塩焼きや煮つけはとてもおいしいですが、実際、アユはどんな魚なのでしょうか…?
見た目で正確に判断し、それを保証することは難しいかもしれません。そのため、アユの遺伝子をモバイルPCR装置で調べることも、簡単な判断方法の一つでしょう。
今回、本物のアユかどうか、モバイルPCR装置にて遺伝子を調べてみました。

試料

冷凍アユの解凍液

前処理

解凍液を1,000倍に希釈、ボルテックスで撹拌
①1,000倍希釈液②100,000倍希釈液、③10,000,000倍希釈したもの
これを試料とする

反応組成
μL 備 考 (終濃度)
酵素;KAPA 3G Plant(2.5U/μL) 0.6 1.5U/reaction
Buffer (×2) 8 x1
F-Primer  (100μM)※1 0.14 900nM
R-Primer  (100μM)※1 0.14 900nM
Probe  (100μM)※1 0.04 250nM
MgCl2(25mM) 0.8 1.25mM
試料 1
PCR grade water 5.3

反応試料Total 16μL

プログラム
工程 温度 時間
初回変性 95℃ 15sec
アニーリング・伸長 60℃ 10sec 50cycle
変性 95℃ 3sec
結果

解凍液を1,000万倍に希釈しても鮎の遺伝子が検出できた。
食品に僅かに混じっていても検出できると考えられる。
さらに川の中にいる状態でも検出できる可能性がある。

※1 兵庫県立大学土居先生のご厚意により、ご教授いただきました。
Tm
Paa-CytB-Primer F    5′-CCTAGTCTCCCTGGCTTTATTCTCT-3′ (25mer) 65.5
Paa-CytB-Primer R    5′-GGTTACTAGTGGGTTTGCTGGG-3′ (21mer) 65.8
Paa-CytB-probe    5’FAM-ACTTCACGGCAGCCAACCCCC-BHQ1-3′ (21mer) 76.1

(株)日本遺伝子研究所製
Tm値計算は最近接塩基法による。
参考論文:Doi et al., Environmental DNA analysis for estimating the abundance and biomass of stream fish.
Freshwater Biology, Volume62, Issue1